川崎病有可能会被误诊，因为川崎病早期的临床症状并不是非常典型，有时只有发热或皮疹，不会非常典型，像皮疹、发热、红眼睛、淋巴结肿大，不会在同一时间同时出现，有可能有些医生就会将其误诊，当成普通的呼吸道感染或感染性皮疹处理。
当碰到所谓的不典型性川崎病时，临床症状更加不明显，此时误诊的机会非常大，患者出现心血管并发症的机会也明显增加。一旦川崎病出现误诊，有可能导致病情治疗延后，从而出现所谓的心血管并发症。因此，川崎病的确会在经验不丰富的医生处造成误诊。