先天免疫缺陷克罗恩病治疗，如果出现完全性肠梗阻，经过禁食，积极的内科治疗，保守治疗无效时建议及时手术治疗，或者出现肠穿孔、出血等情况时，也建议及时的手术治疗，手术后一定要采用药物维持治疗，一般在术后的两周就应该开始服药，而且持续时间应该不少于三年。
如果平时的一些治疗主要是通过一些药物控制疾病的发作，常用的有美沙拉嗪、布地奈德、硫唑嘌呤等，一些条件好的还可以选择英夫利昔单抗治疗。同时患者必须戒烟戒酒，调整生活习惯，避免吃一些辛辣、刺激的食物。