儿童支原体感染引起的疾病一般为支原体肺炎，治疗上首选大环内酯类的抗生素来抗支原体治疗，如阿奇霉素、罗红霉素，对于小的婴幼儿还可以口服乙红霉素、依托红霉素、环酯红霉素等，疗程大约2-3周。
八岁以上的儿童还可以口服四环素类的抗生素，例如多西环素、米诺环素等抗支原体治疗。喹诺酮类的抗生素，比如环丙沙星、左氧氟沙星等，也可以用来抗支原体治疗，但因为这类药物有骨髓抑制等副作用，所以18岁以下的儿童禁用。