隐孢子虫病潜伏期2~28天，平均7~10天。临床表现以发热、腹痛、腹泻、体重减轻等为主要症状，大多数患者病程短暂而能自愈。免疫功能低下者腹泻重且持续时间长，易产生各种并发症，甚至死亡。
1、急性期：免疫功能正常者主要表现为急性自限性水样腹泻，一般无脓血，每日排便2~20余次，可伴低至中度发热、肌肉酸痛、乏力、腹胀、恶心、呕吐、食欲减退等症状。病程通常7~14天，最短1~2天。免疫功能缺陷者腹泻程度严重，常表现为霍乱样水泻，可迅速出现脱水及水电解质紊乱的相应症状，并发其它病原体感染。
2、慢性期：主要见于免疫功能缺陷者，特别是艾滋病患者。病程多为20~60天，长者可达数年。起病缓慢，持续腹泻，每日数次或数10次，大便呈糊状或带有黏液的水样便，便有血便。患者也可表现为霍乱样腹泻，伴有严重脱水和电解质紊乱、低白蛋白血症，严重者可出现循环衰竭而死亡。