菌血症使用抗生素治疗的时间，跟病情程度以及自身对抗生素的敏感性有关系，使用抗生素合理的情况下，至少需要用两周左右的抗生素。
菌血症症状比较严重时，积极给予广谱抗生素来治疗，控制病情进一步发展，症状得到控制，体温恢复正常，血液常规检查正常后，才可以停药。如果使用抗生素连续治疗两周后效果不好，说明病人产生耐药，需要更换抗生素继续治疗，使用抗生素的时间更长，有可能长达三周左右。
菌血症属于严重的细菌感染，往往是由于细菌感染没有及时控制，或者是使用抗生素不合理导致，比如经常患有毛囊炎，严重时会导致菌血症，一旦患上菌血症，需要做药物敏感试验，选择敏感抗生素进行治疗。