霍纳综合征的病因包括颈部受伤、胸腔手术、颅内感染等。
1、颈部受伤：由于颈部受伤，可能会导致神经元通路从大脑的底部到脊髓的顶部受到损伤，除此之外，中风和脊柱病变或囊肿也会导致霍纳综合征。
2、胸腔手术：通常情况下胸腔手术和胸部严重外伤，会导致神经元通路从脊柱延伸到胸部的上方区域，到达颈部的一侧的这一部位受损，引起霍纳综合征。
3、颅内感染：颅内感染、头痛、丛集性头痛等脑部疾病，都有可能导致从脖子到面部皮肤，以及控制虹膜和眼睑的肌肉这一部分神经元通路受损，引起霍纳综合征。