对于不明原因的功能性腹痛，主要是保守治疗，需要在日常生活中养成良好的饮食习惯，避免暴饮暴食，同时采取适当的措施保持大便通畅，应该养成良好的排便习惯，因为大便潴留也会导致腹痛。可以口服益生菌和调理脾胃的药物，比如神曲消食口服液等，来改善脾胃运化能力，解决积食和消化不良的症状，同时要避免辛辣、刺激、油腻的食物，可以在一定程度上减少腹痛的发生。
查不出来病因的腹痛，通常是功能性疾病导致，比如功能性腹痛、功能性腹胀、功能性便秘、功能性消化不良等，因为真正的器质性疾病，比如急慢性阑尾炎、肠梗阻、肠套叠等，通过影像学检查，一般都会有所发现，同时在其他的实验室检查方面也会有所改变。