伤寒疼痛的部位主要是集中在右下腹，因为伤寒主要的病变部位是在回肠下段，也就是靠近右下腹的部位。有一少部分患者除了右下腹疼痛以外，也有可能还会出现其他部位的腹部疼痛，相对部位比较弥散。疼痛的性质多数情况下表现为隐痛，可以伴有腹泻，也可以出现便秘。
此外，在病程的第2-3周，病变的部位也可以出现穿孔。如果出现穿孔之后，会突然出现右下腹的剧烈疼痛，通常会伴有恶心、呕吐、四肢冰凉、呼吸急促、脉搏细数，以及出现血压下降，表现为休克的表现。一般经过1-2个小时之后，腹痛和休克的症状可以暂时缓解。随后可能会出现体温上升，出现腹膜炎的表现，如腹肌紧张、反跳痛和压痛。