本病起病可缓可急，以腹泻为临床主要症状，常见的症状有腹泻、腹痛、恶心、呕吐、发热等。病程由数小时到20余年不等，急性者以水样便、恶心、呕吐为主要表现，慢性者可表现为稀糊便或腹泻与便秘交替出现。
1、腹泻：是本病的主要临床表现，多为水样或泡沫样便。
2、腹痛：多位于肚脐周围，肠毛滴虫寄生在胆道时可引起右上腹疼痛，时发时止或隐隐作痛，可有压痛感。
3、恶心、呕吐、发热：约有1/5的患者有中至低度发热，高热罕见，恶心、呕吐是常见的伴随症状。
4、食欲减退、腹胀、便秘：一些患者会出现食欲减退、腹胀、便秘等表现。