肛肠镜分软镜和硬镜，适应证是不明原因的慢性腹泻、便血，疑有炎症、溃疡、寄生虫病、息肉等，用于摘除息肉取病检、激光治疗的，禁忌证有肛门直肠的急性化脓性炎症、出血性疾病，以及孕妇高血压、心脑血管疾病。检查方法，患者取左侧卧位，先行肛门指诊了解局部情况，然后在直肠镜身上涂抹石蜡油，然后再直视下缓慢进境八厘米左右，可见左侧的半环形的直肠瓣，到11-13厘米时可看到明显的直肠瓣，这是腹膜反折的标志。
观察肠壁一周黏膜的色泽，有无充血、水肿、出血点、溃疡、息肉、肿瘤等。检查完毕后卧床休息5-10分钟，取活组织检查者，观察1-2小时无异常后才可回家，回家后应卧床休息一天，术后排便勿用力过猛，注意当天、次日大便的颜色及次数，如便血较多或持续性腹痛，应紧急来院就诊。