益生菌可以治疗便秘，能改善少部分患者的便秘症状，益生菌包括双歧杆菌、乳杆菌、屎肠球菌，这些益生菌都可以改善便秘。对于主要由于肠道菌群失调导致肠功能紊乱而引起便秘的患者，这时候运用益生菌是有效的。但益生菌不是通便药，没有直接刺激肠道蠕动的作用，以及促进肠道水分分泌的作用，只能通过改善肠道的环境渐渐起作用，所以疗效有限。对于顽固性便秘、习惯性便秘，单纯用益生菌效果并不是非常理想，益生菌可以作为辅助的疗法，可用轻泻药，比如聚乙二醇和乳果糖，再加用益生菌可能效果会更好。