食管囊肿尚无有效的预防方法，大部分为先天性囊肿，小部分为后天性囊肿。后天性囊肿的形成与饮食及生活方式密切相关，所以可以通过改变生活方式减少囊肿的发生。
（1）注重饮食环境、个人卫生，吃东西、大小便前后务必清洗干净双手。
（2）应忌食辛辣香燥、炙热肥腻之物，避免食用过热过冷的食物以防止对食管的伤害；戒烟、戒酒，饮食搭配合理、营养。
（3）避免食用增加胃食管反流的食物如巧克力、浓咖啡等，避免餐后立即躺下，应慢走动、散步促进消化。
（4）患有食管炎等相关疾病的患者尽早治疗，消除诱发因素。