三岁小孩牙齿发黑的原因包括以下几点：
1、孩子还没养成定时刷牙、漱口的习惯时，食物和饮料中的外源性色素可沉积在乳牙表面，使牙齿发黑。
2、长期积存在牙齿表面的食物残渣、软垢等，可在致龋性细菌的作用下，产生酸性物质，造成牙釉质脱矿，并形成广泛的龋损，使乳牙发黑。
3、孩子经常啃咬质地坚硬的食物、玩具等时，乳牙可发生隐裂或产生牙髓坏死。牙齿失去营养供给后，牙冠颜色变得暗黑，同时质地变得酥脆，容易崩折。