尖锐湿疣药物治疗可以选择3.75%或者是5%的咪喹莫特乳膏，以及0.15%或者是0.5%的鬼臼毒素软膏。药物治疗可以收到一定的疗效，但有时治疗效果不好时，还得需要进行联合治疗。由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效。除常用的非处方药外，应在医生指导下，充分结合个人的情况，选择最合适的药物。
一般单独的药物治疗，可能疗效较差，需要联合治疗。联合治疗可以联合物理治疗，包括冷冻治疗、激光治疗、电凝治疗、电离子治疗、微波治疗等。这些物理治疗，都是通过直接的破坏作用来清除皮损，当皮损只发生在小范围时，也可能不需要手术。如果尖锐湿疣分布广泛，药物及冷冻等治疗无法去除皮损，则可以选择手术切除。