针对上呼吸道感染引起的并发症，如急性鼻窦炎、中耳炎、支气管肺炎、肾小球肾炎，以及病毒性心肌炎、风湿热，要应用一些抗生素进行治疗，临床多选用头孢三代等广谱抗生素治疗，可以静点头孢曲松，还有头孢二代头孢呋辛钠，以及口服抗感染的青霉素类药物，如阿莫西林克拉维酸钾，可以治疗扁桃体肥大。
如果上呼吸道感染本身是由病毒感染所引起，还要应用一些抗病毒药物，如利巴韦林，还有中成药，如板蓝根颗粒、清热感冒颗粒等。