腓骨骨髓炎的治疗一定要按照骨髓炎的处理方案来治疗，先可以进行局部的分层穿刺行病理检查，明确致病菌，根据药敏结果选择敏感的抗生素。抗生素治疗一定要全程、足量，才能够使急性骨髓炎得到彻底治愈，以免发展成慢性骨髓炎。一旦药物控制不佳，成了慢性骨髓炎的时候，肯定会形成一定的死骨，必要的时候可以进行手术切除，即刮除死骨，或者局部腓骨段的切除，这样才能得到根治。
腓骨骨髓炎的临床治愈效果比较好，因为在下肢当中并没有特别大的作用。如果是胫骨骨髓炎，一定会有禁忌症以及适应症，必须进行保治手术，并不能把局部的一段切除，腓骨就不一样，必要的时候可以进行腓骨切除。