脑干萎缩大多数是因为多系统萎缩这个疾病引起，平均生存时间为5年。诊断为多系统萎缩的患者多数预后不好，最早发生尿频、尿急、排尿不尽，男性病人通常先出现勃起功能障碍，逐渐进展为一些运动症状，表现为肢体震颤、肌张力增高、站立行走不稳，常常容易误诊为帕金森病。可以出现言语不清、饮水呛咳、吞咽困难、体位性低血压，晚期可以出现睡眠呼吸暂停。
因为活动受限，病人常常需要卧床休息，如果护理不当，容易发生褥疮、肺部感染、泌尿系感染和深静脉血栓形成，引起肺栓塞。从这个病人开始起病，到最后死亡，短则两年时间，长者10年时间，很少活到12年，平均生存时间是5年时间。