艾灸能够不能够治疗巧囊，是要根据巧克力囊肿的大小才可以进行判断。一般情况下，艾灸具有活血化瘀的作用，对巧克力囊肿可能会存在有一定的效果。但是如果巧克力囊肿是比较大已经超过了四公分，单纯的依靠艾灸效果并不是特别的好。因为囊肿已经存在，想要通过活血化瘀的方式来进行治疗，可能效果是微乎甚微。同样艾灸在进行治疗的时候可能时间是比较长，可能会存在改善。不能够完全的进行消除，所以在进行艾灸治疗的时候避免盲目的相信，而耽误了治疗。一般当存在巧克力囊肿，建议进行腹腔镜下探查手术把巧囊进行剥除，剥除之后可以通过药物来进行预防复发的几率发生。