肝囊肿的手术并不是大手术，是属于一种常规的手术，除非是某些肝囊腺瘤或者囊腺癌的手术，这一类的手术是属于大手术，因为这一类的手术不能仅行囊肿开窗，需要将整个囊肿进行完整的切除，必要的时候还需要进行清扫。而单纯的肝囊肿手术属于常规手术，并不复杂，风险也较小。
一般肝囊肿的手术是行去顶开窗，可以选择腹腔镜下进行操作，达到微创的效果。而去顶开窗主要是将囊肿突出肝脏表面的薄壁给予切除，让囊肿与腹腔内相通，吸尽囊液，残余的肝脏囊壁上可以给予氩气刀灼烧，破坏囊壁的结构，减少液体的渗出，手术就结束。