肿瘤在国际上通用的分期方法叫做TNM分期法，是根据原发肿瘤、有无淋巴结转移、有无远处转移来进行区分。对于阴茎癌来讲，如果肿瘤侵犯阴茎海绵体、肿瘤侵犯其它邻近组织结构，比如阴囊前列腺耻骨，出现临床的淋巴结转移，比如单侧腹股沟、双侧腹股沟、盆腔淋巴结转移，以及出现远处转移，比如骨转移、内脏转移，都算是阴茎癌的晚期。
将恶性肿瘤进行分期主要是为了制定的治疗方案和评估预后，例如阴茎癌早期其五年生存率可以达到90%以上，但是如果出现了阴茎癌的晚期，比如腹股沟淋巴结多发转移，三年生存率就会下降到60%，如果出现远处的转移，三年生存率只有1/3左右。