甲肝疫苗注射之后，三天之内最常出现不良反应是注射部位疼痛，局部可以出现红肿、红斑、硬结、摸起来可以有触痛。全身不良反应比较多见的是发热，尤其见于注射的减毒活疫苗，如果注射的灭活疫苗，发热出现的几率相对会少些。
另外也可以出现头疼、全身不适、倦怠、疲乏，也可以出现消化道的症状，出现食欲减退、厌食、恶心，有些患者可以出现呕吐，有些患者也可以出现腹泻。不良反应相对来说比较轻，可以不用特殊处理，大约在48-72小时上述症状就可以自然缓解。如果症状非常突出，需要到医院去就诊。另外还要注意过敏反应，有些患者注射甲肝疫苗也可以出现过敏，可以出现皮疹，严重的患者需要及时到医院就诊。