尖锐湿疣吃药治疗效果不佳，最好是联合治疗。药物治疗可以首先选咪喹莫特乳膏，其次是鬼臼毒素，由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用的非处方药，应在医生的指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。药物治疗可以联合物理治疗，包括冷冻治疗、激光治疗、电凝治疗、电离子治疗、微波治疗等，这些物理治疗是通过直接的破坏作用来清除皮损。
当皮损只发生在小范围时，也可能不需要手术治疗，如果尖锐湿疣分布广泛，药物及冷冻等治疗无法去除皮损时，则可以选择手术切除，治疗的目的是尽早的清除肉眼可见的疣体，改善可能有的症状，减少复发，改善精神压力，还有美观的需求。