肠镜和肛门镜主要的区别如下：
一、镜子的长短不同，所探查的范围也有所不同：肠镜比较长，大约能够探及到整个结直肠，长度在1-1.5m，而肛门镜探查的范围是在10-20cm，主要是针对直肠、肛管一段的肠道来进行检查。对于乙状结肠以上，如果要想确诊病变，必须通过结直肠镜来进一步的进行检查。
二、两者的操作方式有区别：肠镜经常需要在消化内镜中心由医生进行具体操作，而肛门镜检查普通外科医生或者肛肠科医生就可以进行简单的操作，方便、有效、快捷。