头孢克肟可以治疗细菌性尿道炎，但对于非细菌性尿道炎起不到治疗作用，如结核菌引起的尿道炎，和支原体、衣原体感染所致的尿道炎，则治疗无效。头孢克肟作为一种口服的头孢菌素，抗菌谱较广，对于常见泌尿系统感染的细菌，如大肠杆菌、肺炎克雷伯杆菌和淋球菌等都有治疗作用，并且抗菌活性较高，口服后疗程大约3-5天，就可以起到治疗作用，一般副作用相对较轻。如果没有对头孢菌素或者青霉素类过敏的患者，都可以进行口服，治疗相关细菌所引起的感染。但头孢克肟不能抗结核杆菌，对于结核菌引起的尿道炎，没有任何治疗作用。头孢克肟对支原体和衣原体没有治疗作用，故对于支原体和衣原体感染的非淋菌性尿道炎，不建议使用头孢克肟来进行治疗。