宝宝先天性心脏间隔缺损有可能会自愈，但并不是所有的先天性心脏间隔缺损都会自愈。一般小的继发孔型房间隔缺损、小的膜周部或膜周流入道型室间隔缺损，以及肌部的小室缺有可能自愈。自愈往往在三岁之内，超过三岁以后就很难进一步自愈。
判断孩子的先天性心脏间隔缺损是否能自愈，就需要定期复查超声心动图，看每次复查时缺损有没有缩小的趋势。如果缩小的趋势很明显，自愈的可能性就非常大。