补牙会酸痛是因为当牙齿上发生了虫牙或者龋坏以后，实际上表面的釉质是缺损了，下方暴露的称为牙本质，牙本质中有牙本质小管，牙本质小管与牙齿内部的牙神经相连。
当发生虫牙，医生在进行治疗的时候，会用到快手机或者慢速手机来进行牙齿的切割。这种切割会产热，切割的刺激或者热的刺激会通过牙本质小管向内部的牙神经传递，所以会发生补牙的过程中有酸痛现象。如果发生的是龋齿，酸痛应该可以耐受，在补完牙齿以后，也就是在进行了充填以后，一般这种酸痛现象基本上就可以消失。