不同原因的甲减治疗方法会有不同，比如孕期出现的亚临床甲减，甲亢治疗当中出现的药物性、一过性的甲减，亚急性甲状腺炎，还有产后甲状腺炎出现不同阶段引起的一过性甲减。这些情况随着病情的好转和痊愈，甲状腺功能减退会得到恢复，治疗就可以停止。
但是像桥本甲状腺炎造成的甲状腺组织破坏，还有甲状腺手术，无论是肿瘤、甲状腺结节过大、甲亢长期不能缓解，采取手术切除甲状腺或甲亢采用同位素治疗，都可以造成甲状腺完全或者绝大部分被破坏。这种损伤是不能恢复的，这样引起的甲状腺功能减退需要长期，甚至终身治疗。而且要定期复查，在医生指导下调整剂量用到最佳，这样能够保证身体健康，药物如果用的合理，非常安全而且有效。