根尖囊肿本身就是颌骨囊肿其中的一种，所以就两种疾病是没有必要进行鉴别，它们是包含与被包含的关系。
所谓根尖囊肿，一般情况下是指由于根尖的炎症反复发作，逐渐长期形成依据于根尖为中心而逐渐增大的囊肿，这种囊肿开始相对较小，但是随着时间的推移，也会逐渐呈现增大的情况。
而颌骨囊肿是指上下颌骨内所有的囊性肿物的总称，除根尖囊肿外还包括发育囊肿、萌出囊肿、含牙囊肿、正中囊肿。
所有这些都是属于颌骨囊肿，但是针对于这些颌骨囊肿，整体的治疗手段基本上都是进行手术治疗，所以针对于普通人的囊肿鉴别是没有太大必要的。