器械性食管损伤的治疗较为复杂，需要根据具体的损伤部位、大小、全身和局部情况来决定具体处理的方式。对于颈部食管小穿孔可以考虑保守治疗。对于食管胸段的穿孔，应当通畅引流，联合应用广谱抗菌药物，同时给予肠内肠外营养支持，应用鼻胃管持续吸引口腔分泌物，根据具体情况选择开胸修补，食管造口等处理方式。对于腹段食管出现穿孔，一般采用腹腔镜联合胃镜修补为宜，同时也需要给予持续引流，胃肠减压，营养支持。
一、药物治疗
器械性食管损伤需在术前术后进行联合抗菌治疗，特别是胸腹段食管受损的患者，需避免继发的纵隔感染、腹腔感染，常使用的抗生素药物有青霉素类、头孢菌素类、氯霉素类等。
二、手术治疗
1、颈部食管小的穿孔治疗：症状轻微者可用抗生素或静脉补液，停止吞咽，吸引咽分泌物，禁食等治疗。但仅用于：
（1）穿孔小及瘘的症状少；
（2）就诊迟而穿孔已局限的病例中应用。有些颈部小穿孔不做引流亦可逐渐消退。穿孔较大或已形成食管周围脓肿，可经左颈行引流术
2、胸部食管穿孔的治疗：
（1）胸行穿孔修补术：若发现及时，原食管正常，可插鼻胃管连续吸引口咽分泌物，应用抗生素，立即开胸行穿孔修补术。术后继续吸引口腔分泌物、静脉营养，直至正常吞咽。
（2）开胸探查修补裂孔：若损伤在阻塞性病灶附近或治疗已延迟，则不能修补。可插鼻胃管，加胃造口做吸引及通过造口插管做经肠营养支持，或经输液、复苏，等病情平稳时开胸探查修补裂孔。
3、腹部食管穿孔者治疗：
（1）出现急腹症症状者，腹腔镜联合胃镜修补为宜。
（2）对于短期内未进行手术治疗的患者，或者食管有大面积破损的患者，手术时应将胸腔打开，将食管外置于颈部，随后再进行食管重建术。