显微镜下多血管炎的治疗方法，与其他自身免疫类型的血管炎治疗方法很接近。主要有三个阶段组成：第一个阶段，通过使用药物来诱导缓解。第二个阶段，使用小剂量的药物来维持缓解。第三个阶段，治疗复发，并且观察病情的变化。对于显微镜下多血管炎所使用的药物，包括糖皮质激素，如甲泼尼龙、泼尼松等，作为诱导缓解的一线用药。如果病情较重的病人，可同时应用免疫抑制剂，如环磷酰胺、甲氨蝶呤和硫唑嘌呤。
对于有些存在抗中性粒细胞胞浆抗体的病人，可以进行丙种球蛋白的使用。而特殊的情况下如病人达到了尿毒症期，出现肾功能损害，也可以通过血液透析进行治疗。出现严重肺出血或急性肾衰起病时依赖透析的病人，和抗肾小球基底膜抗体阳性的病人，也可以使用血浆置换来缓解病情。