胃肠功能紊乱诊断是一个功能性诊断，在诊断为肠功能紊乱的时候一定要做相应检查，比如胃镜、B超、幽门螺杆菌甚至CT检查。
确实排除了病人有明显的器质性病变的时候，再仔细追问病史可能会发现病人平素比较焦虑、抑郁，夜间睡眠也比较差，情绪不太好，有这种明确的精神状况的时候，如果有条件可以到相应医院心理科进行评估。
确实诊断有抑郁症和焦虑症的时候，可以给病人加抗抑郁药，因为躯体的不适由于脑肠轴的影响会有明确精神症状的不适，在控制精神心理因素的前提下，加用抗抑郁药可以有效缓解躯体的症状不适，因此胃肠功能紊乱在诊断明确的时候，加用抑郁药是可以有效缓解相应症状的。