湿疹是由内外多种因素引起的变态反应性皮肤炎症，肛周湿疹往往与局部的潮湿、多汗、清洁卫生不够等有关，所以对于肛周湿疹的治疗，首先是要加强局部的清洁卫生，避免搔抓、烫洗，衣物要宽松、透气，然后根据湿疹的不同、临床类型选择合适的药物。如果是处于急性期，局部有很多丘疹、水疱、糜烂、渗液，考虑先用硼酸液或者是1:5000的高锰酸钾溶液局部湿敷，减少渗出。待皮损好转之后再改用带糖皮质激素的乳膏制剂，比如艾洛松、尤卓尔等外擦。
如果是慢性的肛周湿疹，局部皮肤粗糙、肥厚、苔藓样变，可以选择比较强效的抗过敏止痒药膏，比如卤米松软膏、派瑞松霜等，还可以使用中药制剂，比如复方黄柏液、皮肤康洗液外洗，青鹏软膏、苦参凝胶等局部外擦，也是有治疗效果的。