消化系统神经官能症又称胃肠功能紊乱或者现在称为功能性胃肠病，其症状是多种多样。症状以食管症状为主的，常见于胃食管反流病。症状以上消化道为主的，其称为功能性消化不良。症状以下消化道为主的，常见于肠易激综合征。
胃食管反流病的表现有烧心、反酸、嗓子干痒、口腔异味、声音嘶哑，严重时可有胸骨后疼痛。功能性消化不良的表现有上腹痛、上腹胀、早饱、嗳气、反酸、食欲不振、恶心、呕吐等，肠易激综合征的表现主要以腹痛、腹胀、腹泻以及便秘为主。这些疾病同时常伴有全身神经官能症的症状，如心悸、气短、心慌、面红、失眠、焦虑、健忘、神经过敏、手足多汗、多尿、头痛等植物神经不平衡的表现。