卵巢巧克力囊肿在临床上一旦发现，建议尽快给予手术治疗，如果不尽快手术治疗，囊肿会随着每个月来月经，子宫内膜脱落出血而继续增大，这样有可能会造成周围组织的粘连。如果再做手术，会给手术带来一定的困难。
周围组织的粘连也可能会导致输卵管的损伤、膀胱的损伤或者直肠的损伤，所以对于巧克力囊肿的病人建议尽快给予手术治疗，并且在手术之后为了预防复发，临床上需要用达菲林进行治疗，并且如果是已婚，可以宫内上曼月乐环进行治疗，主要是导致子宫内膜萎缩，预防巧克力囊肿的复发。