腺垂体功能减退的治疗主要包括病因治疗和激素替代治疗，激素替代治疗尽量符合生理的要求，既要改善症状，也要避免过量。引起腺垂体功能减退的病因，包括糖尿病、垂体肿瘤、垂体卒中、免疫系统的淋巴细胞性垂体炎，需要对病因进行相应治疗。
在激素替代治疗上，主要补充周围靶腺激素，首先是肾上腺皮质激素，氢化可的松是首选，应该在医生的指导下，同时监测用药以后病人的体力、精神改善的情况，要监测血糖、血压和电解质，使用24小时尿游离皮质醇作为参考。如果存在电解质紊乱，尤其是低钠血症难以纠正，应该联用盐皮质激素。使用甲状腺激素来补充替代甲状腺激素的不足，应该在使用糖皮质激素补充以后更安全，需要定期监测甲状腺激素的水平，促甲状腺激素不能作为监测的指标。
如果性激素同时需要补充，对于没有生育要求的患者，性激素补充是最合适的方法，女性使用人工周期，男性最常用十一酸睾酮胶丸或注射液，对于有生育要求的，使用促性腺激素治疗。对于生长激素缺乏的儿童，选用生长激素治疗，对于有明显的乏力、生活质量差，严重的生长激素缺乏的成年人，或者伴有骨质疏松的患者，使用生长激素补充治疗。