引起肝囊肿的原因有：先天性肝组织发生囊性变；创伤引起肝组织损伤，刺激引起肝组织囊性变；炎症引起肝组织纤维化，进而可形成肝囊肿；肿良性肿瘤引起肝囊肿。其中先天性肝囊肿最为常见，亦称单纯性肝囊肿。单纯性肝囊肿多见于女性，多为单发，呈球形或椭球性，直径在数mm至20cm不等，呈单房性，无间隔，有完整的包膜，内层为柱状上皮。还有寄生虫引起的肝囊肿，如包虫病引起肝囊肿等。