艾滋病引起的并发症很多，包括机会性感染和机会性肿瘤。机会性感染有肺孢子菌肺炎、隐球菌感染、结核感染、非结核分枝杆菌感染、马尔尼菲蓝状菌感染、巨细胞病毒感染、弓形虫脑病、JC病毒感染、尖锐湿疣等。机会性肿瘤有艾滋病相关淋巴瘤、卡波氏肉瘤、HPV相关喉癌；而且出现宫颈癌的发生率明显增多；此外还会出现艾滋病相关性痴呆。