发作性运动障碍的治疗一般是要通过药物的治疗，通常是用少量的卡马西平就可以治疗。因为发作性运动障碍主要原因是因为离子通道的问题造成，有氯通道、钠通道和钾通道各种类型，一般分为四种类型，有运动诱发的发作性运动障碍、非运动诱发的发作性运动障碍、跟运动无关的发作性运动障碍以及持续运动诱发的发作性运动障碍等四大类型。
通常来说治疗效果最好的是运动诱发，因为钠通道异常引起，可以通过小剂量的卡马西平，它的效果非常好，一般可以通过小剂量的卡马西平就能够治愈，过了发病年龄，就是一般是青少年时期到了或者过了青少年时期，18岁以后发病就会减少或者消失。