随着医疗技术的进步，肠镜检查目前相对比较安全，但仍有一定的风险。另外，肠镜检查前患者要通过多次腹泻来清洁肠道，体质虚弱的患者检查后会有乏力、虚脱等不适症状，需要家属护送回家或回病房。
肠镜检查时有可能会出现肠出血，肠壁比较薄的患者还有可能发生肠穿孔，心肺功能比较差的患者有麻醉的风险。所以，肠镜检查前要准备肠道清洁工作。肠道清洁缩短操作时间，可以减少风险系数。若为非无痛性肠镜检查，在检查的过程中会有腹部不适感，患者常有疼痛。检查前要给予讲解，检查之间要给予安抚情绪，减轻患者的紧张。若对疼痛比较敏感的患者，建议进行无痛肠镜检查。无痛肠镜检查后，患者有麻醉药的作用，可能会有头晕、脚轻、乏力的症状，家属护送比较安全。