影响儿童脑炎预后的因素有多种，比如，大脑病变严重程度、感染原的毒力强弱、患儿发病年龄（年龄越小抵抗力相对低下，愈后差易遗留后遗症）、患儿有无基础疾病（如肾病综合征、再生障碍性贫血、白血病等，预后差易遗留后遗症甚至致死）、治疗是否及时等。大多数儿童脑炎治疗及时，一般预后良好不留后遗症，而对于病情严重、大脑弥漫性病变者预后差，可遗留后遗症比如运动障碍、智力低下、视力或听力下降等。