卵巢巧克力囊肿治疗的最佳时间一般是在巧囊直径在5cm左右的时候，建议尽快的进行手术治疗。现在临床上强调的是对于卵巢巧克力囊肿的患者，一生只做一次手术，手术的目的就是为了明确病因，确定是卵巢巧克力囊肿之后。如果复发了，可以选择药物治疗或者是进行穿刺，并不是再采用手术治疗。
卵巢巧克力囊肿在临床上比较常见，是子宫内膜异位症的表现。对于有生育要求的女性，在做完巧囊手术之后要尽快的进行怀孕，因为怀孕会预防巧囊的复发。如果自己怀孕困难，是可以选择辅助生殖的方法帮助怀孕，也可以减少复发。