肾结核最常见的晚期并发症包括下列三个方面：
1、泌尿系感染，尤其是尿路刺激症状非常严重，尿频使患者不能入眠，血尿的发生率也比较高，其原因就是导致膀胱黏膜的受刺激，以及膀胱的挛缩，而使病人受到尿频的困扰。
2、肾积水，表现为病变侧的肾结核破溃灶，而对侧出现肾脏积水、输尿管扩张等。
3、肾结核的最终结果也会引起肾功能不全，表现为贫血、夜尿增多、尿比重降低，最终出现血肌酐和尿素氮的上升。