细菌性尿道炎最常见的是大肠埃希菌、粪肠球菌或屎肠球菌引起的尿路感染，需要口服磷霉素氨丁三醇散治疗。磷霉素氨丁三醇散对大肠埃希菌目前没有发生耐药现象，所以细菌性尿道炎首选磷霉素氨丁三醇散。细菌性尿道炎还可以口服莫西沙星，莫西沙星是喹诺酮类新一代抗生素，口服莫西沙星一周左右病人的症状会得到明显好转。细菌性尿道炎还可以口服灭滴灵治疗，灭滴灵也称甲硝唑，对尿路的多种致病菌有明显的治疗效果，对滴虫和厌氧菌也有明显的治疗作用。