甲状腺非典型滤泡上皮细胞病变，原因有很多。如果青春期的男孩和女孩，患有甲状腺滤泡性肿瘤，则没有必要处理。因为这些患者有甲状腺滤泡肿瘤，随着年龄增长可能会自行消失，患者需补充碘元素。
替代疗法，也是治疗甲状腺非典型滤泡上皮细胞病变的方法，主要是服用甲状腺药。因为不同的患者有不同条件，且药物剂量是不同的，所以要检查咨询医师才可以决定。服用药物的效果，是使患者的新陈代谢保持正常状态。除此之外服用碘补充剂，也是治疗甲状腺非典型滤泡上皮细胞病变的典型方法。
不同的病人需用不同的碘剂量，应按照医生的要求服用药物，不要随便改变药物剂量。甲状腺滤泡是甲状腺的结构和功能单元，合成和分泌甲状腺激素。