新生儿气管食管瘘确诊的方法，主要是根据临床表现和相关的影像学检查。有食管气管瘘的新生儿，往往在吸入乳汁之后很容易反流到气道，引起剧烈的呛咳、青紫，而且每次喂奶的时候，新生儿都会出现上述的症状，甚至会发生窒息。严重的时候反复吸入乳汁，会导致新生儿发生吸入性肺炎，出现发热、气促、呼吸困难等症状。
如果怀疑有食管气管瘘，给新生儿做碘油造影，当碘油经过胃管，或者是新生儿在吞咽之后进入食道，经过瘘口，可以有部分碘油进入到气道，此时就可以确诊为新生儿有食管气管瘘，也可以用新生儿纤维支气管镜进行确诊。一旦确诊有食管气管瘘，必须及时手术治疗。