男性性功能障碍通常比较常见的是勃起功能障碍以及早泄，对于这两者的治疗有一定的区别。通常对于心理性因素引起的疾病，要进行心理的疏导。而对于不同因素导致的疾病，可以通过药物或者行为疗法进行纠正。对于勃起功能障碍，可以采用盆底肌的训练、性刺激的治疗。
口服药物首选PDE5抑制剂，也就是磷酸二酯酶抑制剂，如西地那非或者采用阿扑吗啡、酚妥拉明、雄性激素等药物。而对于早泄，可以采用阴茎挤捏技术或者停动技术的行为疗法，必要时采用5-羟色胺再摄取抑制剂，如必利劲或者三环类抗抑郁药或者局部外用麻醉药物进行改善和治疗。