龟头念珠菌病多数人能够根治，龟头念珠菌病属于霉菌性的包皮龟头炎，其致病菌主要是白色念珠菌为主，属于霉菌的一种。治疗上主要以抗霉菌治疗为主，例如咪康唑或者克霉唑乳膏外涂，涂药的间隙可以多次清洗，清洗一般可以使用对包皮龟头刺激性比较小的药物，比如硼酸洗剂、洗必泰溶液、皮肤康洗剂、聚维酮碘洗剂等。
在治疗上一定要按医生规定的疗程来进行治疗，不能稍有好转就停药，这是很多人久治不愈的原因。另外，如果反复感染还要积极寻找病因，例如是否自身抵抗力下降、包茎、包皮过长、喜欢喝酒以及大量进食辛辣刺激的食物，还有配偶以及性伴侣有霉菌感染，长期大量的应用抗生素等等这些因素。如果经过正规治疗仍然是反反复复，久治不愈，也可以考虑做包皮环切术。