男性不育症的主要原因有精液异常、生精障碍、性功能障碍。性功能障碍比较常见的表现有阳痿、早泄、不射精。精液异常主要表现为精液的量减少、精液密度下降、畸形率升高或者精子的活动度下降。
生精功能障碍主要见于睾丸的疾病，导致睾丸生精障碍，比如两性畸形或者染色体异常导致生精功能障碍，可能是输精管的梗阻，可能导致男性不育症。