肠结核的诊断标准，依据是结核病史、腹痛、腹部包块、排便习惯改变、结核性中毒症状，以及结合胃肠道X线的检查、病理组织学检查，有结核杆菌、干酪样坏死性肉芽肿可明确诊断。
肺内有活动性结核或者是陈旧性结核，是由于结核杆菌侵犯肠道引起的感染，多发生于40岁以下的青壮年，一般预后良好，不影响寿命。治疗原则是抗结核药物和全身支持治疗相结合，必要时需要手术治疗，可以选择异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺等药物治疗。