非淋菌性尿道炎的治疗，主要是根据病原体来选择抗生素，主要是针对沙眼衣原体和支原体，推荐的方案可为阿奇霉素、红霉素、左氧氟沙星等。
非淋菌性尿道炎是因性交传染的一种尿道炎，尿道或宫颈分泌物中涂片或培养，可查到沙眼衣原体或解脲支原体、人型支原体等多种特异性微生物。药物治愈的标准包括临床症状消失一周以上、尿液澄清、尿道口无分泌物、尿沉渣镜检阴性、尿道或宫颈刮片涂片阴性，且支原体、衣原体检查阴性。